매번 파행되고 있는 수가협상이 효율적으로 이루어지기 위해서는 공단과 의약단체 각각 연구하기보다는 제3의 전문연구기관에게 합리적인 연구방법론을 도출토록한 후 공동연구를 통하여 공감대를 확대해 나가는 것이 필요하다는 의견이 강력히 제기됐다.

대한병원협회는 2010년도 건강보험공단의 2010년도 병원급 의료기관 환산지수 연구 결과에 대한 검토의견을 통해 이같이 밝히면서 보험자 의료기관 단체 등이 각자의 (연구) 결과를 갖고 테이블에 앉아 협상을 진행한다는 것이 결코 생산적일 수 없다며 대안을 제시했다.

수가협상과정에서 병원협회는 연구결과를 근거로 881개 법인병원의 법인세 신고자료에 근거하여 70.4원(11% 인상), 2007년도 통계청자료와 2008년 병원신임평가자료를 활용한 결과인 68.6원(8.2% 인상)를 제시한 바 있다. 그리고 최종적으로 보건의료경제지수(2004~2008, 5개년 평균, MEI) 3.7%로 최소한 물가인상율 수준으로 제시하였다.

이같이 경영압박이 있더라도 대승적 차원에서 최소한 인상율을 제시하며 협상타결을 위해 노력했음에도 공단은 보험재정 한계와 보험료 인상부담을 이유로 수용하지 않았을 뿐아니라 오히려 지수모형과 아직 보험자와 의료계 사이에 합의가 이뤄지지도 않은 ‘SGR(지속성장율) 모형’에 의한 결과만 유일한 진리인 것처럼 내세워 수가인하요인만 있다는 점을 부각시켰다고 주장했다.

아울러, 각각의 연구방법에 대해 문제를 지적했다. 우선 지수모형은 전년도 경영수지는 그해 환산지수에 의해 균형을 이루었다고 전제하고 기관당 수익과 비용의 상대적 증감율에 의해 환산지수의 조정률을 추정하는 방식으로, 기준연도의 수가가 원가보상이 가능한 수가로 정해지지 않은 수가라면 이 모형에 의한 조정율은 그 의미가 상실되기 때문에 전년도 고시된 수가가 원가보상 수준의 수가가 아니라면 일부 수가의 불균형을 조정해 주는 것 이상의 의미는 없다는 문제를 지적했다.

그리고 SGR 모형에 대해서는 모형을 개발한 미국에서 조차 부작용 발생을 우려하는 목소리도 높은데 미국과 의료 환경과 제도가 다른 우리나라에 적용하는 것은 부적절하며, 공단이 적정수가라고 전제로 한 기준년도(2004년도)가 과연 적정 수가로 전제 가능한 연도인지도 검토되어야 한다고 했다.