새로운 평가제도가 적용된 이번 종합전문요양기관 평가는 2004년 6월14일 평가협의회를 개최하고 개선안을 마련키로 합의하면서 논의가 본격화됐다.

이후 2004년 9월부터 2005년 2월까지 제도개선 실무추진협의회를 설치하고 3차례에 걸친 회의를 통해 대한병원협회와 의학회, 보험심사간호사회, 소비자단체, 복지부, 심사평가원, 건강보험공단, 보건산업진흥원 등 관계자 의견을 수렴했다.

이어 2006년 12월13일 의료계(병협, 의협), 건강보험(공단, 심평원), 소비자(한국소비자연맹, 소보원), 전문가(진흥원, 인제대), 정부(보험급여기획팀, 의료정책팀) 등으로 구성된 종합전문요양기관 인정기준 개선을 위한 실무작업반을 꾸려 이듬해 3월까지 5차례의 회의를 개최했다.

이 회의에서 종합전문요양기관의 법적 근거 변경, 환자구성상태, 인력, 시설기준, 교육기능, 상대평가, 진료권역 조정 등에 합의하고 2007년 4월부터 10월까지 2차례에 걸쳐 종합전문요양기관 평가협의회를 열었다.

여기서 환자구성상태, 교육기능, 인력, 시설·장비 기준 등 5개 부문을 최종 심의, 국민건강보험법 시행규칙(보건복지가족부령 제13호, 08.5.7) 및 종합전문요양기관 또는 전문요양기관의 관리 및 평가규정을 공포(보건복지가족부 고시 제2008- 34호, 08.5.7)했다.

2008년 들어서는 6월11일 제1차 종합전문요양기관 평가협의회를 개최해 평가계획 및 세부 적용기준(안)을 확정하는 한편 6월18일 의료기관 대상 설명회를 개최하고 7월 한 달간 종합전문요양기관 인정신청서를 접수했다.

7월23일에는 47개 병원이 참석한 가운데 병원협회에서 종합전문요양기관 신청 의료기관 대상 2차설명회를 개최하고 8월25일부터 9월10일까지 신청기관별 현지조사를 실시했다.

이어 10월20일 신청기관별 평가결과를통보하는 한편 이의신청서를 접수하고 진료권역별 종합전문요양기관 소요병상 수 고시(보건복지가족부 고시 제2008-133호, 08.11.10)에 이어 11월25일 제2차 종합전문요양기관 평가협의회를 열고 대상기관을 최종 선정했다.