법제처 법령해석 여부와 관계없이 임상시험 연구용역에 대해 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 공제받게 되므로 임상시험에 부가세가 부과되더라도 의료기관이나 제약사에는 부담이 없다는 정부의 공식 입장이 나왔다.

복지부가 법제처에 의뢰한 임상시험 면세 법령해석 요청이 반려돼 복지부의 신뢰성에 타격은 물론 의료기관과 제약업계에 파장이 예상된다는 메디칼타임스 12월1일자 보도와 관련해 복지부는 12월1일 보도해명자료를 통해 이같이 밝혔다.

복지부는 이날 해명자료에서 법제처는 복지부에서 요청한 질의 내용과 관련해 ‘부가가치세법’ 소관 부처인 기획재정부장관의 의견을 첨부하지 않아 법령해석 요건을 충족하지 않았고, 이 문제는 법리적 문제가 아니라 조세정책과 결부돼 있으며 다양한 임상시험 유형‧실태를 전제로 개별 사건에 대해 판단할 사항임에 따라 ‘법령해석의 문제가 아니라 사실판단 사항이라는 이유’로 반려했다고 밝혔다.

또 복지부가 요청한 ‘의료행위’ 여부와 ‘새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’ 여부에 대한 판단도 보류됐다고 덧붙였다.

복지부는 기재부에 2차례의 의견조회를 했지만 회신을 해오지 않아 법령해석 요건을 충족시킬 수 없었다고 해명했다.

다만 임상시험 부과세 부과와 의료기관‧제약사의 세부담에 대해 복지부는 “기재부와의 협의를 통해 부가가치세 유권해석일인 2014년 3월17일 이후 부가가치세를 부과하기로 합의, 향후 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 공제받게 되므로 임상시험에 부가세가 부과되더라도 의료기관이나 제약사에는 부담이 없을 것으로 예상된다”고 밝혔다.

또 2014년 세법 개정안에 외국법인 등에 제공하는 임상시험 용역에 영세율 적용 반영을 추가로 이끌어 냈다고 복지부는 덧붙였다.