NYT에 따르면 이 법안에 대한 비판론자들은 법안에서 지원금 할당을 감시하고 연구를 통한 공공보건상의 수혜를 보증할 기준이 적절히 제시돼 있지 않다고 지적하고 있다. 이들은 또 줄기세포 연구가 대중들에게 지나치게 부풀려져 알려졌으며 그같은 재원은 오히려 더 원숙하고 성공가능성이 큰 다른 의학연구에 쓰이는 게 나을 것이라고 주장하기도 한다.
법안 반대 운동을 벌였던 웨인 존슨은 "그 법안에는 의도하지 않은 문제들이 있다"며 "수십억 달러라는 큰 돈으로 공공에 기여하지도 못하는 사람들과 일부 생명공학 회사들이 떼돈을 벌 수 있다"고 비판했다.
인간배아 줄기세포 연구를 지지하는 사람들조차 이 법안이 특정 질환 연구를 옹호하는 사람들이나 한정된 분야에만 이용될 수 있으며 일반인들은 세금이 어떻게 쓰이는지 의견을 개진할 방법이 없다고 염려하고 있다.
법안을 지지했던 크루스 부스타만테 캘리포니아 부지사는 지난 16일 버클리 캘리포니아대에서 이 대학 로버트 버제노 총장을 줄기세포연구 29인 감독위원회 위원으로 임명하며 "이 법안은 21세기판 골드러시가 될 수 있다"고 말했다.
법안에 따르면 "캘리포니아 재생의학 연구소"가 향후 10년 간 약 30억 달러를 보조금과 대출 형태로 줄기세포 연구를 수행하는 공공 또는 사설 기관에 지원 여부를 결정한다. 최종 승인은 주 내 주요 의과대학과 비영리연구소,생명공학회사 대표들을 망라한 29인 감독위원회가 내린다.
법안 통과 지지활동을 조직했던 팔로알토의 부동산계 거물인 로버트 클라인은 감독위원회 구성원들은 자신의 소속 기관에 재원 할당을 결정하는 투표에 참여할 수없고 지원을 받는 단체는 국립보건원(NIH)의 자료 출간,공유 규정을 따라야 하는 등 일정 제한들이 있다고 밝혔다. 그는 또 이해관계가 전혀 없는 외부 전문가가 재원 할당을 감시하게 된다고 말했다.
그러나 비판자들은 줄기세포 연구가 진전될수록 기술개발 결과와 향후 가능한 치료법에 대해 특허권 분쟁이 이어질 것이라는 점도 지적했다. 실제로 이 분야 연구를 선도하고 있는 위스콘신 대학과 게론사는 이미 여러 건의 관련 특허를 보유하고 있다.
이에 대해 클라인은 이 법안과 관련해 캘리포니아의 최대 수익처는 특허 사용료가 아니라 궁극적으로 막대한 공공보건 비용 절감이 될 것이라고 전망했다. 그는 줄기세포연구로 약 70가지의 관련 질병 치료에 근소한 발전만 있더라도 투자한 30억달러는 몇 배에 이르는 공공보건상의 이익을 창출할 것이라고 말했다.
메리 앤 폭스 캘리포니아 샌 디에이고 대학 총장은 이 법안으로 연방법의 제약에 갇혀 있던 캘리포니아 생명공학,의학 연구소들이 "거대한 기회"를 갖게 됐다며 중립적인 외부 검토위원회가 외압 없이 연구 자체에 대한 기준으로 지원 결정에 실질적인 힘을 발휘할 수 있도록 권한을 부여하는 것이 관건이라고 밝혔다.
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