포지티브 리스트제도 시행과 관련해 약계의 반발이 거세다. 이에 더해 국회 박재완 의원(한나라당)도 26일자로 보도자료를 통해 "보건복지부의 포지티브 리스트제도는 위헌적 조치"라며 시행규칙이 아니라 법률에 의한 시행근거 마련을 촉구했다.

다국적제약사들도 신약을 주 대상으로 약제비를 절감하고자 하는 이 정책은 건강보험의 약제비 지출 감소에는 기여할 것이나 국민의 약제비 부담은 오히려 증가할 것이라고 주장했다.

한국제약협회(회장 김정수) 문경태 상근부회장도 26일 경기도 이천 미란다호텔에서 가진 제약산업 전문기자 연찬회에서 "포지티브 리스트제도는 보편과 평등이라는 우리나라 건강보험의 기본 철학인 네거티브 방식을 부정하는 것"이라며 "이는 엄연히 재산권침해이며 정부가 이런 식으로 민간기업 구조조정을 유도해도 되는 지 묻고 싶다"고 항변했다.

문 상근부회장은 "정부가 독점적인 수요자이면서 약을 골라 쓰겠다면 결국 제약사들은 죽으라는 것"이라며 "독일처럼 참조가격제와 리베이트 등 세련된 약제비절감 정책을 시행하면 굳이 포지티브 리스트제도를 시행하지 않더라도 정책 목표를 달성할 수 있을 것"이라고 대안을 제시했다.

그는 이번 사안과 관련해 위헌소송도 불사할 계획이라 강조하는 한편 이와 병행해 제약산업에 대한 국민들의 신뢰 회복을 위해 노력하겠다고 덧붙였다.

제약계의 이같은 주장에 대해 일각에서는 "정부의 약가인하 정책은 정부와 제약계가 아니라 다수인 국민의 입장을 대변하는 정부와 제약계간의 거래"라며 "정부는 국민의 이익을 챙기기 위해 정책을 강행한다는 명분을 갖고 있지만 제약계가 주장하는 재산권 침해, 신뢰보호 원칙 위배 등의 대응논리는 상대적으로 명분이 많이 부족하다"고 평가했다.