의료기관의 설립형태에 따라 고유목적사업준비금 손금한도액이 차등적용되고 있는 것을 개선하고 고유목적사업준비금의 사용범위를 확대하는 한편 실질적인 조세지원을 위한 법인세 감면효과를 제고해야 한다는 지적이 나왔다.

또 비영리의료기관의 공공성과 비영리성에 대한 명확한 법률적 근거가 필요하며, 의료기관을 운영하는 모든 비영리의료기관에 동일한 조세혜택을 부여하는 것이 필요하다는 주장도 함께 제기됐다.

강원대학교 경영대학 정재연 교수는 지난 7월 14일 한국보건산업진흥원에서 개최된 보건산업진흥포럼에서 ‘의료기관 조세정책의 현황과 합리화 방안’에 관한 주제발표를 통해 이같이 밝혔다.

정 교수는 “현행 우리나라 의료기관 조세정책은 의료기관의 공익성 실현을 위한 조세지원이 미흡하다”며 “이를 개선해 의료기관의 경영효율성을 제고하고 궁극적으로 의료서비스 산업의 발전을 도모할 수 있는 방안을 검토해야 한다”고 지적했다.

의료기관의 조제정책과 관련, 정 교수는 의료기관의 법인세 과세의 문제점과 의료기관 설립형태별 차등과세, 의료기관 조세지원제도, 의료기관의 성실납세 유도 등으로 구분, 개선방안을 제시했다.

법인세 과세의 경우 설립형태별로 고유목적사업준비금의 손금한도액이 차등적용되고 의료기관에 대한 고유목적사업준비금의 조세지원 효과가 미흡한 점을 꼽았다. 법인세법상 의료기관을 비영리법인으로 인정하면서도 의료업을 수익사업으로 분류, 실질적으로는 영리법인과 유사한 법인세 부담을 지우고 있는 법체계도 문제점으로 지적됐다.

그는 개선방안으로 고유목적사업준비금 차등적용을 개선하고 고유목적사업준비금 사용범위를 확대하는 한편 실질적인 조세지원을 위한 법인세 감면효과를 높일 것을 제안했다. 의료업을 법인세법상 수익사업에서 제외하는 방안도 내놨다.

의료기관 설립형태별 차등과세를 개선하기 위해선 관련법령을 정비하고 비영리의료기관에 동일한 조세혜택을 부여하는 방안을 주장했다.

정 교수는 의료기관 조세지원제도와 관련해 “의료법상 병원은 30병상 이상이어야 하며, 일반적으로 종업원 수가 30명 이상”이라며 “의료업에 대해 종업원 수 10인 이하를 소기업으로 볼 경우 소기업에 해당하는 병원은 전혀 없게 되므로 의료업의 소기업 범위를 현실에 맞게 조정할 필요가 있다”고 강조했다.

중소기업에 대한 특별세액 감면에 있어서도 비영리법인인 경우 병원과 의원의 차별없이 감면을 적용받을 수 있도록 개선하고, 감면율도 병원의 현금영수증 가맹률이 95.9%로 다른 업종보다 높은 수준임에도 현금수입업종으로 분류돼 감면율이 낮아 이를 조정할 것을 제안했다.

의료법인에 대한 기부금을 국공립대학병원이나 사립대학병원과 동일한 수준으로 조정함으로써 병원간 세무상 기부금 처리의 불공평성을 해소하고, 성실납세자에 대한 우대 등 성실납세 유도를 위한 시스템도 마련돼야 한다고 덧붙였다.