그동안 논란을 빚었던 임상시험에 대한 부가가치세 과세가 소급 적용하지 않는 것으로 결론났다. 그러나 기획재정부에서 임상시험을 부가세 과세대상으로 유권해석한 올 3월17일 이후 체결되는 임상시험용 용역계약에 대해서는 부가세가 과세된다.

기획재정부는 5월9일 국세예규심사위원회를 열고 이같이 결정했다고 5월13일 보도자료를 통해 밝혔다.

심사위는 그동안 의료기관이 계속 면세로 신고해 왔고 과세관청에서도 정기조사나 신고에 대한 사후검증과정에서 한번도 과세를 한 사례가 없어 납세자 신뢰보호라는 관점에서 이같이 결정했다고 밝혔다.

즉 기재부 유권해석을 새로운 해석으로 간주해 유권해석일(올 3월17일) 이후 최초로 임상시험 용역계약을 체결하는 분부터 과세하도록 결정했다는 것.

기재부는 이 같은 결정에도 불구하고 의료기관이나 제약회사의 세부담이 증가하는 것은 아니라고 밝혔다. 의료기관은 제약회사로부터 부가세가 포함된 대금을 받아 부가세를 납부하면 되고 제약회사도 의료기관에 지급한 부가세를 매입세액으로 공제받을 수 있기 때문이다.

한편 기재부는 임상시험 용역의 부가세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 관련 법령규정을 법리적 관점에서 해석해 과세대상에 해당되는 것으로 유권해석을 내린 바 있다.

당시 기재부는 면세대상인 환자에 대한 진료나 치료용역이라기 보다는 의약품안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험과 측정방법에 따라 제약회사에게 공급하는 시험용역으로 여기고 있는데다 영국 등 여러 나라에서 과세하고 있는 점 등을 감안해 과세결정을 내렸었다.