창립총회에서 대한병원협회 차기 회장으로 선출된 이용설 연세의대 세브란병원장이 제2대 회장을 맡았으며 제2차 총회에서 차기 회장에 선출된 박주병 국립의료원장이 제3대 회장을 맡아 협회를 이끌어 나갔다.
그러나 1962년 1월15일 공무원의 겸무가 금지됨에 따라 제3대 박주병 회장을 비롯한 협회 이사 5명이 사퇴하는 초유의 사태가 벌저졌다. 하지만 당시 보사부의 특별조치를 통해 이들의 이사직 유임이 잠정적으로 유보됐다.
1963년 3월 대학병원과 국립의료원이 지방의 공공병원을 지원할 목적으로 공공병원들과 자매결연을 체결하고 인적‧기술적 지원을 하기로 결정했다. 이에 따라 병원협회는 두 차례에 걸친 관련 병원들의 연석회의를 개최하고 이를 지원했다.같은해 10월24일 병원협회는 비록 사무실을 임차한 것이지만 가톨릭대학교 성모병원 2층에 자체 사무실을 마련했다. 이후 제4대 회장은 임정섭 서울시립순화병원장이 맡았고 제5대 회장은 김성환 서울의대 부속병원장이 맡아 협회를 이끌었다.
이어서 제6대 윤규선 회장을 거쳐 제7대와 제8대, 제9대 등 1965년부터 1968년까지 3대 회장을 맡은 한심석 서울의대 부속병원장은 1966년 4월23일 국제병원연맹에 가입하고 세계보건기구(WHO) 회의에 한국대표 일원으로 참가하는 등 국제적으로 활동영역을 넓혀 나갔다.
앞서 한심석 회장은 1965년 10월29일 제7차 정기총회에서 협회의 업무량 증가에 대비하고 회무의 능률화를 목적으로 한 차기 회장 선출제도를 폐지하고 부회장제를 신설했다.1960년대 후반 국가경제가 급격히 팽창하면서 대형병원들이 등장함에 따라 병원협회도 변화를 맞게 됐다.
1968년 중앙대학교 성심병원과 고려병원(현 강북삼성병원), 1971년 조선대학교병원, 경희대학교병원, 백병원(확장 증축), 충남대학교병원, 1973년 순천향대학교병원과 충북의료원 등이 속속 문을 열었다.1970년대 후반기에 들어서면서 병원들의 변화를 요구하는 정부의 여러 제도와 정책들이 쏟아져 나와 병원계의 어려움이 가중되고 있었다.
이에 병원협회는 설립취지에 따라 병원계 관련 현안이 생길 때마다 정부에 건의해 회원병원들의 권익을 옹호하는데 전력을 기울였다. 한심석 회장에 이어 임의선 연세의대 세브란스병원장이 제10대와 제11대 회장에 선출되고 그 뒤를 이어 김홍기 서울의대 부속병원장 1969년 회장에 선출돼 1972년까지 제12대, 제13대 회장으로 60년대와 70년대의 양 시대에 걸쳐 협회장을 맡았다. 제14대 회장은 송호성 한강성심병원장이 1972년 선출됐다.한편 김홍기 회장은 의료보험제도가 실시된 1977년 다시 회장에 선출돼 제17대와 제18대 회장을 역임하며 새로운 제도가 도입된 격랑의 시대의 주인공이 됐지만 병원장 임기종료와 함께 협회장직도 내놓게 됐다.
또한 지부가 결성됨에 따라 회원총회를 대의원총회롤 전환했으며 1970년 후반에는 정관 개정을 통해 상근부회장제도를 신설하고 본래 사무국장제를 사무총장제로 변화시켜 사무국 기능도 대폭 강화했다. 초대 사무총장은 박경화 원장이 맡았으며 1979년 하호욱 사무총장이 바통을 이어 받았다.
1972년 10월부터 대한병원협회 지부가 설치되기 시작했으며 창립 당시부터 추진해온 기관지 ‘대한병원협회지’ 창간을 비롯해 병원센서스 실시, 병원회계준칙을 제정했다.아울러 1970년대 중반 의료보험제도의 시행을 앞두고 경제개발과 국민의료를 주제로 총 5회에 걸쳐 대규모 세미나를 개최하는 등 의료보험의 바람직한 정책방향을 병원협회가 제시하고 선도했다.
이외에도 병원경영진단을 전문연구기관에 용역을 발주했으며 야간구급환자진료센터 운영, 수해지역 의료구호반 파견, 전문의 새마을교육 실시 등 사회 의료봉사 활동에도 적극적으로 나섰다.