2000년도의 잘못된 의료제도 개혁을 위해 충정 어린 마음으로 파업을 주도했던 현 김재정 회장을 비롯한 의료계 대표 6인에 대한 대법원 판결 확정과 관련 의협은 전국 8만 의사회원은 치밀어 오르는 분노를 감출 수 없다는 입장을 표명했다.

의협 전국 16개 시도의사회장단은 대법원 판결 직후인 29일 오후 긴급 회의를 소집하고 발표한 성명서에서 "의약분업 당시 의사들의 주장에 정부는 귀를 막고 외면했지만, 오늘날 뼈저린 현실로 곳곳에서 문제점으로 드러나고 있다"고 지적했다.

시도의사회장들은 성명서를 통해 "2000년 의사들의 파업은 국민을 위해 불가피하게 선택한 정당한 파업이었으며 의약분업을 시행한 김대중 대통령도 문제가 없다는 말을 듣고 시작했지만, 나중에는 준비 부족을 느낀다며 실패한 정책임을 시인한 바 있다"고 밝혔다.

또한 "의약분업 시행 이전에는 단 한 푼도 부담하지 않았던 의약품 조제료가 올해까지 5년간 무려 9조1천억원을 국민의 건강보험료에서 쥐어짜 투입되고 있으며 몸이 아픈 환자에게 가중시키고 있는 엄청난 불편함은 아직도 전혀 개선될 기미를 보이지 않다"고 의약분업의 문제점을 꼬집었다.

성명서는 의사들의 집단 행동을 신랄하게 비판했던 시민단체와 언론에서도 의약분업 5년의 성적표를 보고 힘들게 밀고 나가야 하는지에 대해 회의적 반응이라며 "의약분업 참회록"을 통해 용서를 구하고 있다고 강조했다.

시도의사회장들은 "의약분업과 건강보험제도 등 잘못된 현 의료제도는 국민을 위해 반드시 올바른 방향으로 개혁되어야 한다"며 "전국 8만 회원은 조금도 주저함 없이 국민의 건강을 위하는 길이라면 언제든지 투쟁에 나설 각오가 서 있다"고 천명했다.