2006년 보건의료노조 산별교섭의 파행이 거듭되고 8월 24일 노조측이 병원파업을 예고하면서 최종 교섭을 시도하고 있는 가운데 정부는 파업이 환자진료에 미치는 영향은 그다지 크지 않을 것으로 분석하고 진료대책 마련에 나섰다.

8월 현재 보건의료노조 120개 병원 중 산별교섭에는 113개 병원 3만2천361명의 조합원이 참가하고 있으며, 8월 5일 중앙노동위원회 산별 조정신청을 했으며 18일과 21일 최종담판 교섭을 시도하고 협상이 결렬될 경우 24일 총파업을 할 예정이다.

보건복지부는 산별교섭 113개 병원이 파업에 참가할 경우 전체 병원의 9.4% 수준이며, 병원내 조합원 중 일부만 파업에 동참할 것으로 예측돼 환자진료에는 큰 문제가 발생하지 않을 것으로 내다봤다. 다만 대학병원의 경우 41곳 중 약 20곳이 파업에 참여할 것으로 보이며, 지역내 거점병원 중 일부가 파업에 참여할 경우 중증환자 진료에 상당한 차질이 발생할 가능성을 배제할 수는 없을 것으로 전망했다.

이와 관련, 복지부는 노동부, 행자부, 국방부, 경찰청 등 관계부처와 협조체계를 구축해 노조동향 파악 및 대응방안을 협의키로 했으며, 환자불편 최소화를 위한 비상진료대책을 수립하기로 했다.

응급의료기관 진료체계 점검을 강화하고 병원협회 등 관련단체에 협조를 요청, 파업예상 회원병원에 대해 비상진료지도를 해 줄 것을 요청했다.

복지부 파업대책에 따르면 파업초기에는 비상진료대책반을 운영하고 일일상황 점검 및 대책회의를 진행하며, 환자급식을 외부에서 공급할 경우 식중독 대책을 함께 마련할 예정이다.
파업병원에는 진료팀을 재구성해 환자진료 계획을 축소하고 협력병원 및 인근 비파업병원으로 환자진료를 유도하는 한편 파업을 하지 않는 병원은 파업병원에서 보내온 환자진료에 만전을 기하고 대체병원 수행을 준비할 수 있도록 했다.

파업이 장기화되면 예비 채용인력을 임시대체 인력으로 투입하고 군병원을 개방해 환자진료를 요청하는 한편 직권중재 등을 통해 진료체계를 적극 유도할 계획을 세웠다.
파업중인 병원은 응급실과 중환자실 위주로 진료체계를 전환하고 파업을 하지 않는 병원은 파업병원의 대체병원으로서 외래 및 입원진료 기능을 확대하도록 했다.

복지부는 시도 및 기초단체에 대해서도 응급의료기관의 응급환자 비상 진료체계를 유지하고 당직 의료기관을 지정해 공휴일 및 야간 응급환자에 대해 신속하게 대처할 수 있도록 요청했다. 공공보건의료기관 등 가용 의료자원을 최대 활용해 파업상황에 따라 진료기능을 확대 운영할 방침이다.

이외에도 전국 434개 응급의료기관 비상진료체계를 강화해 응급환자 및 중증환자 진료에 적극 대처하고, 의료인의 대체인력 확보가 용이하지 않은 점을 고려해 파업에 참여하지 않은 인력을 중심으로 환자진료 체계를 축소개편할 것을 병원측에 요구할 계획이다.

한편 병원노사는 핵심쟁점인 임금인상을 제외하고는 일정부분 의견접근을 한 상황이며, 지방의료원은 5.4% 인상에 합의했고 사립대 등 기타병원은 합의에 실패했다.