부가가치세가 면세되는 일반 의료서비스와 달리 미용성형 목적 의료행위에는 부가가치세 10%가 부가되며, 외국인관광객이 보건복지부에 외국인환자 유치의료기관으로 등록한 의료기관에서 오는 12월31일까지 공급받은 미용성형 의료용역에 대해서는 사후에 부가가치세 환급을 신청할 수 있다.
1. 환급절차
특례가 적용되는 의료기관과 환급창구운영사업자는 상호 간 게약을 체결하고 단말기 설치 등 환급 전 사전준비를 하고, 준비가 완료되면 의료기관은 외국인관광객이 쉽게 볼 수 있는 위치와 인터넷 홈페이지 등에 외국어로 표찰을 게시해야 하고 부가가치세 안내문을 비치하여야 한다.
의료기관은 부가가치세액을 포함한 가액으로 외국인에게 의료용역을 공급하고 조특법 시행규칙에 따른 “의료용역공급확인서” 1부를 외국인관광객에게 교부하여야 한다. 또한 의료용역공급확인서를 환급창구운영사업자에게 전자적 방식으로 전송하여야 한다.
외국인관광객은 의료기관에서 받은 의료용역공급확인서를 진료가 끝난날로부터 3개월 이내에 환급창구운영사업자에게 제출하여야 한다. 환급은 출국항 소재 보세구역 내 환급창구 또는 도심 환급창구에서 가능하며 환급창구를 방문하기 어려운 경우 출국항내 수거함 또는 우편을 이용하여 사후에 환급받을 수 있다.
환급이 완료되면 환급창구운영사업자는 의료기관에 환급되었음을 증명하는 서류를 송부해야 하고 의료기관은 위 사업자에게 부가가치세를 지급하여야 한다. 그리고 의료기관은 환급증명서를 송부받은 과세기간의 부가가치세 신고시 환급대상 부가가치세를 공제받을 수 있다. 이때 의료기관은 부가가치세 신고시 의료용역공급확인서에 환급증명서를 첨부하여 제출하여야 한다.
2. 환급의 제한
환급창구운영사업자가 의료용역 공급일로부터 3개월이 되는 달이속하는 달의 다음달 20일까지 환급증명서를 송부하지 않는 경우 부가가치세 공제를 적용하지 아니한다. (예를 들어 진료가 4월 29일이라면 8월 20일까지는 환급증명서를 송부해야 부가가치세 공제가능함)
또한 사실과 다른 의료용역공급확인서를 교부, 전송하거나 환급대상 의료용역이 아닌데도 부가가치세를 환급하는 경우 해당 부가가치세 및 가산세가 징수된다.
